Hola,
Ambos teneis la misma version de AutoCAD?.
El comando LIM-TOTAL (que supongo que es al comando que te refieres) no puede ser controlado por ninguna variable, por tanto debe funcionar exactamente igual en cualquier ordenador, siempre y cuando tengan la misma version de AutoCAD.
Revisa que en los 2 ordenadores se esten guardando los archivos para la misma version de AutoCAD. Es posible que tengas configurado el comando de SALVAR para que guarde los archivos con una version inferior de AutoCAD y eso puede probvocar la diferencia de tamano.
Saludos.