Hola,
Por la fecha en la que lo has descargado supongo que tienes ARKITool 2011.
Las paletas funcionan de la siguiente manera:
En el menu desplegable de ARKITool tienes 2 entradas (como ves en la imagen). Una que pone paletas de ARKITool y otra que pone paletas de AutoCAD.
Si quieres ver y/o usar las paletas de ARKITool marca la entrada de "Paletas de ARKITool" y si quieres usar las que tenias antes solo tienes que marcar en "Paletas AutoCAD" y automaticamente apareceran las que tenias antes.
Simplemente lo que se hace es cambiar la direccion donde se localizan las paletas, para que coja las de ARKITool o las de AutoCAD (las que tengas ahora) y de esta manera no mezclarlas.
En ARKITool 2010 se juntaban las paletas de ARKItool con las de AutoCAD y algun usuario se quejo por ello, por eso hemos adoptado este nuevo sistema.
Saludos.