Autocad como todos los programas tiene guardar como, pero cuando se guarda el dibujo todas las capas esten activas o desactivadas se guardan en el nuevo dibujo.
La propuesta es una poner una variante al comando "Guardar como" en el que las capas inactivas no se guarden en el nuevo dibujo.
Si se os ocurre alguna variante más lo propongais en el Foro.
Saludos