Hola.
Te puedo comentar, que en el caso de otros programas, como el MDT, la union de puntos mediante codigos genera polilineas, pero luego hay que usar otra herramienta para "convertir polilineas 2D a 3D" ya sea usando la superficie(triangulacion), la cota de los puntos MDT o por interpolacion.
Por lo que respecta a ARKITool, en el apartado de conversion, hay una herramienta llamada "convertir polilinea 2D a 3D" pero simplemente la convierte de polilinea a 3dpol y asigna la cota de elevacion de la polilinea a cada uno de los vertices, ignorando si hay puntos de Autocad encima de estos vertices.
En esta situacion, para que sirviera tu caso tendria que hacer algo parecido a:
"tomar cota de los puntos si estos se encuentran encima el vertice" cuando convertimos polilinea 2D a 3D.
Si quieres, haz esta propuesta a ARKITool para que te implemente esta opcion.
Saludos.